Tout comme la pluart des religieux nombre de scientifiques sont opposés au modèle de Copernic et cherche par tous les moyens à le faire chuter. A la théorie du savant polonais ils opposent des preuves astronomiques et physiques. Nous pouvons pour illustrer ces propos prendre l'exemple de la taille apparente de Mars. Pour le chanoine polonais, la distance entre la terre et les planètes varie au cours du temps concept réfuter par des observations. Les érudits s'appuient également sur d'autres arguments :
- « Si la terre est en rotation autour du soleil, elle doit se déplacer à une très grande vitesse. Or quand on laisse tomber une pierre du haut d'une tour, elle en tombe précisément au pied: c'est bien que la tour, et donc la Terre à laquelle elle est attachée, est restée fixe pendant la chute de la pierre. »
- « Si la terre tourne sur elle même, comment se fait il que les objets à sa surfaces ne soient pas éjectés par la force centrifuge ? Et comment se fait-il que la Lune accompagne la Terre dans son mouvement de rotation autour du Soleil ? »
Les chercheurs et scientifiques du XVIe siècle acceptent certains éléments de la théorie de Copernic, en revanche la base de l'héliocentrisme est rejetée. Les oppositions à l'héliocentrisme n'étaient donc pas d'ordre uniquement religieux, mais provenaient également du milieu scientifique, qui présentait des contre arguments qui étaient extrêmement solides en comparaison des avantages de la théorie héliocentrique. Les partisans de Copernic ont tenté de proposer des réponses mais elles ne sont restées que des hypothèses qui était alors impossible de confirmer expérimentalement (l'atmosphère ou les objets en chute libre suivent la terre dans son mouvement, les étoiles sont extrêmement lointaines…). On observe donc que Galilée a des partisans et nous allons voir qui ils sont.
Ses disciples, ses partisans
Jusqu’en 1600, cette théorie héliocentrique n’aura qu'une dizaine d'adeptes, parmi lesquels les plus connus : l’italien Galileo Galilei et l’allemand Johannes Kepler. Galilée tentera de reprendre le modèle héliocentrique, c'est un fervent défenseur de la théorie copernicienne qui sera condamné par un tribunal ecclésiastique en 1633.
Ces adeptes vont tenter de promouvoir la théorie de Copernic. Certains, comme Galilée, vont reprendre son modèle en y faisant quelques modifications ou d'autres vont essayer d'arriver à un compromis. C'est à dire que l'astronome danois Tycho Brahé va créer un modèle géo-héliocentrique dans lequel la terre est immobile et que toutes les autres planètes tournent autour du Soleil pendant que celui-ci tourne autour de la Terre.
Cent ans après la parution du livre de Copernic, des réticences existent toujours. Si certains philosophes sont profondément convaincus, la plupart acceptent plutôt le système de Tycho Brahé. L'acceptation de la nouvelle théorie est lente.